机能实验室是嘉兴学院医学实验中心下属的二级实验室，分生理学实验室、生物化学实验室和药理学实验室三个分室。承担生理学、生物化学、营养学、病理生理学和药理学等课程的实验教学，覆盖临床医学、药学和护理学3个专业。每年开设的实验项目总数达60多项。面积约1200平方米，现有固定资产866台件，价值约380余万元。实验室拥有一大批先进的实验教学设备，如：低温高速离心机、智能核酸蛋白分析仪、超声波细胞破碎仪、超低温冰柜、生物信号采集处理系统（MedLab系统）和虚拟仿真软件、动物实验跑台、无创尾动脉血压测量分析系统等。充分利用现代化教学手段进行实验教学，近年来，将临床医学专业的生理学、病理生理学和药理学实验课程进行有机整合，设置了技能科学实验室课程。整合后的机能科学实验课程以综合性实验为主体，通过实验教学内容的有机联系，能培养医学生从正常人体机能到机能异常及纠正机能异常的整体性、系统性、连贯性的分析问题与解决问题的能力。